1982年和1987年吉林工业大学分别获管理专业学士学位和技术经济专业硕士学位。1993年获西安交通大学管理专业博士学位。1994年起任西安交通大学教授。1994年曾赴加拿大两所大学进行合作研究。1996—1997年作为访问教授赴LONDON BUSINESS SCHOOL 进行一年的合作研究。曾任西安交通大学管理学院院长。兼任全国管理科学与工程类教学委员会副主任，是西安交通大学国家重点学科管理科学与工程一级学科的学科带头人;是西安交通大学首批跨世纪人才，腾飞计划特聘教授;被评选进入国家优秀中青年出国项目，入选国家教委跨世纪优秀人才计划。1996年获国务院“政府特殊津贴”。1999年获得国家自然科学基金委杰出青年基金项目资助。2010年4月起任上海交通大学安泰经济与管理学院执行院长。

自1990年以来，李垣教授主持和参加了46项科研项目，其中负责国家级项目11项，包括国家自然科学基金委杰出青年基金一项，省部级以及国际合作项目 12项。先后获国家教委、陕西省政府等省部级以上科技成果奖项9项，并两次获全国性论文大奖赛奖励。已公开发表学术论文200余篇，出版专著9部，主译专著一部。近五年来承担国家自然科学基金重点项目1项，资助面上项目6项, 国家社科基金1项，发表论文115篇，其中英文国际著名刊物7篇，获得省部级奖励6项，其中，一等奖1项，二等奖3项。